A História da Juventude Batista Brasileira começa desde que começamos a ter no Brasil jovens batistas. Em 1881 chegaram os primeiros missionários enviados dos Estados Unidos para o Brasil. Dois casais de missionários e um brasileiro fundaram a primeira igreja batista voltada para a evangelização de brasileiros. Dos cinco, quatro tinham menos de 35 anos: Zachary Taylor de 31 anos, William Bagby de 26 anos, Ann Bagby de 23 anos e Kate Taylor de 20 anos. Foram estes jovens missionários que iniciaram aquilo que hoje é a bem estabelecida obra dos batistas no Brasil.
Nos anos seguintes mais jovens chegaram, dentre eles, o grande Shlomo Louis Ginsburg, que aqui ficou conhecido como Salomão Ginsburg, nascido na Rússia e tendo morado na Alemanha, na Inglaterra e em Portugal, Ginsburg chega ao Brasil em 1891, aos 24 anos. Nesse mesmo ano, ele lança a primeira edição do Cantor Cristão.
Em 10 de Janeiro de 1901, outro missionário William Entzminger lança o Jornal Batista, que em sua capa traz uma matéria assinada por Myron Clark tratando da importância da igreja se preocupar com as juventudes.
Somente em junho de 1907 é que surge a Convenção Batista Brasileira. Com ela são fundadas muitas juntas para auxiliar seu trabalho. Entre elas, as nossas importantes Juntas de Missões Nacionais e a Junta de Missões Estrangeiras, hoje Missões Mundiais, e ainda uma Junta de Mocidade, o responsável pela Mocidade Batista nessa época era o Salomão Ginsburg.
Salomão Ginsburg lidera a Junta de Mocidade até 1914, quando a seu pedido, a CBB nomeia como líder o Missionário Loren Marion Reno, responsável pela missão no estado do Espírito Santo. Reno publica a partir de 1919 a revista Mocidade Batista e escreve muitos estudos que são impressos e distribuídos para as mocidades das igrejas locais pela Casa Publicadora Batista.
A partir de 1922, há uma fusão entre a Junta de Mocidade e a Junta de Escolas Dominicais, que faz surgir a Junta de Escolas Dominicais e Mocidade. Em 1933, surge em meio às programações da Assembleia da CBB, a Assembleia da Mocidade, era um espaço onde os jovens podiam contribuir e discutir seus próprios assuntos. Em 1939, a Mocidade cria o jornal ‘O Jovem Batista’ e em 1949 surge o Congresso Nacional da Juventude Batista Brasileira.
O assunto da criação de uma Junta de Mocidade volta à tona em 1957, movimenta a Assembleia de 1958, mas só na Assembleia de 1968 em Fortaleza que em 29 de janeiro surge a JUMOC – Junta de Mocidade da Convenção Batista Brasileira. O primeiro presidente e executivo foi o pastor Irland Pereira de Azevedo, hoje conselheiro emérito da Juventude Batista Brasileira e Presidente emérito da CBB.
Em dezembro de 1968, foi eleito como executivo José Agostinho Almada de Abreu, que era apenas bacharel em Teologia e teve sua ordenação ao ministério pastoral solicitada pela própria Junta. Durante essa gestão foi criado a OPES (Operação Evangelização de Estudantes) e a OPUS (Operação Universidade), esta tinha um objetivo triplo: incentivar o testemunho cristão dos universitários Batistas, equipá-los com material de caráter apologético e ajudar no entendimento de como associar suas vocações com a fé cristã.
Em 1975, pastor José Agostinho se desligou do cargo de executivo e foi eleito em seu lugar o pastor Isanias Batista dos Santos. Prosseguindo o plano de Evangelização nas Universidades, foi lançada a Revista Campus.
Em 1979 a Junta elegeu seu terceiro executivo, o professor Sillas Santos Vieira. Nessa gestão, a Revista Mocidade Batista, teve seu nome mudado para ‘‘Juventude”. A Revista naquele momento tinha como seu editor o professor Israel Belo de Azevedo.
Após a saída do pastor Sillas Vieira, assumiu a Diretoria Executiva – pastor Josué Campanhã, que liderou a JUMOC de janeiro de 1987 a março de 1996. Foi nessa gestão, que em 1989, o Congresso Nacional da Juventude Batista Brasileira passou a se chamar Despertar, na edição realizada em Curitiba
Após a saída do Pr. Josué Campanhã, houve um intervalo de quase 03 (três) anos até que fosse escolhido um novo executivo. Em 1999, assumiu a Diretoria Executiva liderada pelo pastor Sérgio Dusilek, que começou um trabalho de reorganização da Junta, mantendo as atividades funcionando sem interromper os eventos realizados, sobretudo o Despertar, cada vez mais concorrido. Pastor Sérgio Dusilek ficou no cargo até fevereiro de 2004.
Ainda em 2004, assumiu a Diretoria Executiva liderados pelo pastor Fabiano Pereira que atuou de julho de 2004 a agosto de 2008. Pastor Fabiano deixou a liderança da JUMOC em 2008 e o pastor Sérgio Pimentel presidente na época, passou a exercer a função de executivo até que, a Secretária Executiva da Juventude Batista do estado do Rio de Janeiro, Gilciane Abreu é escolhida para assumir as funções executivas da JUMOC em 2009. É na gestão da Gil que a Junta de Mocidade passa a se chamar Juventude Batista Brasileira.
Gilciane lidera a JBB até julho de 2017, quando anuncia sua saída no Despertar realizado em Natal. Em setembro daquele mesmo ano, assume o ex-presidente da Juventude Batista do estado do Rio de Janeiro, Amnom Lopes. Sua gestão é curta porém produtiva, apesar das dificuldades causadas pela pandemia de COVID-19. A doença vitimou a muitos e um deles foi Amnom Lopes, que faleceu em maio de 2021. A partir daí, a JBB foi liderada pelo presidente do Conselho pastor Valdevan Lucas e teve como coordenador geral interino por alguns meses o irmão Sérgio Almeida.
A equipe que auxiliava Amnom organizou o Despertar 22, realizado em João Pessoa no mês de julho. Em setembro de 2022, é nomeada para a gestão da Juventude Batista Brasileira a capixaba Jéssica Martins que tem feito um operoso trabalho na causa das juventudes nesse país, levando adiante esse legado centenário.